Recebeu o anel de Sasori, quando este morreu, ao entrar para a Akatsuki apesar de ter sido o último integrante a adentrar na organização, posteriormente, Tobi revela ter encorajado Yahiko a fundar a Akatsuki, e diz ser
Madara Uchiha , o que fica claro não ser verdade quando o verdadeiro Madara é ressuscitado pelo Kabuto. Usava uma máscara laranja feita em espirais, com um único furo no olho direito. Depois de transplantar o Rinnegan do Nagato, passou a usar uma máscara branca com 2 furos.
9 A personalidade de Tobi inicialmente era diferente dos outros integrantes da organização, ele era brincalhão, extrovertido e desajeitado, sendo o último a ser recrutado pela organização; porém após revelar sua verdadeira identidade, sua personalidade muda completamente, passando a ser uma pessoa fria, calculista e manipuladora. É revelado posteriormente ser Obito Uchiha. Foi morto por Kaguya Ōtsutsuki.
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É um dos membros da Akatsuki mais leais a Tobi. É na verdade dois seres independentes compartilhando o mesmo corpo, sendo o
Zetsu Preto mais sério e inteligente, e o
Zetsu Branco mais despreocupado e alegre. Ambas as partes foram criadas pela vontade de Uchiha Madara ,sendo que a metade branca do Zetsu foi criada usando também as células de
Hashirama Senju. Parte do corpo de Zetsu se assemelha a uma
dioneia, uma
planta carnívora, cobrindo sua cabeça. A metade esquerda do corpo é completamente branca, enquanto que a metade direita é preta com pequenos pontos brancos. Ele pode se dividir em duas partes, que podem se comunicar a grandes distâncias, enraizando seus pés no chão, como também pode se fundir a outros materiais, como árvores, rochas e o chão, e viajar rapidamente, se fundindo ao chão e aparecendo em outro local.
Um de seus trabalhos na Akatsuki é o de eliminar corpos e quaisquer vestígios que possam dar informações sobre a organização. Ele devora os corpos de membros mortos da Akatsuki. Durante a Quarta Grande Guerra Shinobi, Tobi criou um exército de 100 mil clones do Zetsu Branco, com a ajuda do chakra das sete primeiras bijuus capturadas e do clone do Hashirama Senju criado usando células do original.
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Sasori , também conhecido como Sasori da Areia Vermelha, é o primeiro membro da Akatsuki a morrer. Ele entra para a Akatsuki logo depois de virar um nukenin , ao matar o Terceiro Grande Kazekage, para transformá-lo em uma marionete. Era um mestre tanto na criação quanto na utilização de marionetes. A maioria das marionetes utilizadas por outros ninjas eram de sua criação, e ele as considerava como uma arte, porém imperfeita. Sua arte tornou-se perfeita, sob seu ponto de vista, com a utilização e criação do Hitokugutsu , que transformava um ser humano em uma marionete, mantendo suas habilidades de quando era vivo. Sasori possuía a capacidade de utilizar-se de até cem marionetes em um único ataque, sendo que utilizou a técnica para conquistar um país inteiro. Conseguiu derrotar e matar o Terceiro Grande Kazekage , para posteriormente transformá-lo em uma de suas marionetes através do Hitokugutsu. Deidara referia-se à Sasori como sendo mais forte que ele, e o respeitava de certa forma. Para Sasori, a beleza verdadeira da arte estava na permanência, na imortalidade. Sasori foi morto por vovó Chiyo da aldeia da areia, com a ajuda de Sakura Haruno, com um jutsu em que as marionetes que foram feitas a partir da mãe e do pai de Sasori o mataram. Sasori foi revivido por Kabuto (que anteriormente era seu subordinado) para a Quarta Grande Guerra Ninja, mas foi parado pelo esquadrão de Kankuro.
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Foi voluntário de um
kinjutsu, que na verdade eram experiências que as pessoas de sua religião faziam. Nesse
kinjutsu, Hidan ganhou imortalidade. O seu principal
jutsu, só é possível por causa de sua imortalidade. Ele usa a foice de três gumes que ele carrega, para tirar sangue do adversário. Depois ele ingere o sangue, e faz um símbolo no chão, e quando entra nele, todos os golpes que ele recebe, seu adversário também recebe. Então ele usa sua imortalidade dando golpes fatais em si mesmo, e matando o adversário. Com esse
jutsu ele matou
Asuma . Ele é muito temido por seus adversários por causa de sua habilidade. Quando saía a campo formava dupla com
Kakuzu. Hidan é imortal por ser o único vivo que passou pelo ritual do "
Deus Jashin". Hidan está vivo porém desmembrado; foi soterrado por
Shikamaru, ainda falando, em um local secreto do clã
Nara.
Kakuzu foi o segundo membro da Akatsuki a morrer. Kakuzu tem uma técnica de estender sua vida. Com isso ele teve uma vida excepcionalmente longa. É tão velho que lutou contra o
Primeiro Grande Hokage. Na verdade isso foi uma missão dada a ele pela Vila da Cachoeira, mas como falhou, foi punido e preso. Ao fugir da prisão, ele conseguiu essa técnica. Ele aumente sua vida, ao roubar o coração das pessoas, usando os inúmeros fios pretos de seu
jutsu. Somado ao coração dele, o máximo de corações que ele pode ter, é cinco, tendo cinco vidas. Ou seja, teriam que matá-lo cinco vezes para poderem vencê-lo. E além disso cada um dos corações pode lutar a seu favor como um ninja distinto, e cada um dos corações com seu elemento. Um dos corações de Kakuzu fica em seu peito, mas os outros quatro ficam em máscaras que ficam presas em suas costas. Sendo que ele pode soltar membros de seu corpo. Kakuzu é o tesoureiro da Akatsuki, sendo extremamente ganancioso. O seu parceiro Akatsuki teria que obedecê-lo em tudo que mandasse, caso contrário seria morto por Kakuzu. Como resultado disso, Pain ordenou que seu parceiro agora seria
Hidan. Na luta contra os ninjas de
Konoha, Kakuzu tem seus cinco corações destruídos. O primeiro é vítima do
Chidori de
Kakashi. O segundo é vítima do
jutsu de Hidan, que o mata acidentalmente. O terceiro e o quarto são vítimas de um único
jutsu de
Naruto, o Rasen Shuriken. O último é morto também por Kakashi. Kakuzu e seus malditos cinco corações, foram revividos por
Kabuto para a Quarta Grande Guerra Ninja, mas é selado pelo Time Asuma.
Orochimaru, um dos "Três Sannins Lendários", é um
nukenin de
Konoha; fugiu de Konoha por ter sido descoberto fazendo experiências proibidas em humanos, com a finalidade de descobrir novos
jutsu e a imortalidade. Ele entra para a Akatsuki, com o intuito de obter o
Sharingan de Itachi Uchiha, mas como falha, resolve fugir. Tempos depois, invade Konoha, deixa seu Selo Amaldiçoado em Sasuke Uchiha, e luta contra Hiruzen Sarutobi, o Terceiro Hokage e seu
sensei, que se sacrifica para selar parte da alma de Orochimaru, fazendo com que Orochimaru perca a habilidade de usar
jutsu por um tempo. Sasuke foge de Konoha para ser treinado por Orochimaru, e se torna um
nukenin; Orochimaru planeja tomar seu corpo.
Após confronto com Sasuke, foi absorvido pelo mesmo. A partir de seus restos mortais, Kabuto Yakushi adquiriu e absorveu seu DNA. Mais tarde, quando Sasuke tentou usar um
jutsu sem chakra contra Itachi, Orochimaru conseguiu escapar do corpo do Sasuke, em forma de um dragão de oito cabeças (serpentes), e atacar Itachi, mas logo em seguida foi selado, usando a espada
Totsuka do Susano'o de Itachi, removendo o Selo Amaldiçoado de Sasuke. No momento do selamento, parte do Orochimaru tenta escapar em forma de uma serpente branca, que em seguida é morta pelas chamas negras do
Amaterasu. Tempos depois, Sasuke liberta parte do Orochimaru do Selo Amaldiçoado de Anko Mitarashi, em busca de informações; depois de livre, Orochimaru reabsorve seu chakra que estava em Kabuto.
Deidara é usuário de
bakuton utilizando uma argila especial para lutar, é guardada dentro de uma bolsa presa a cintura. Com as duas bocas que possui em cada palma de suas mãos, Deidara modela a argila, inserindo seu
chakra modificado dentro dela. Essa argila após ser expelida das duas bocas, geralmente possui a forma de algum animal, normalmente uma ave, mas podem ser aranhas, dragões, minas terrestres. Deidara entra na Akatsuki após desafiar e ser derrotado por
Itachi Uchiha, Deidara após a batalha afirma que a arte de Itachi é superior a sua. Deidara se suicida com sua bomba final, com o objetivo de matar
Sasuke Uchiha, mas falha, tendo este fugido para outra dimensão, usando o seu
jutsu de invocação,
Manda. Deidara é revivido por
Kabuto para a Quarta Grande Guerra Ninja, mas foi selado pelo esquadrão de
Kankuro.
O irmão mais velho de
Sasuke. Por ser do clã Uchiha possui um doujustsu muito poderoso, o Sharingan. Após ver seu melhor amigo,
Shisui Uchiha, se jogar de um penhasco, Itachi despertou uma forma evoluída do Sharingan, o Mangekyou Sharingan. Após obter o Mangekyou Sharingan, recebeu ordens do alto escalão de
Konoha para exterminar todos os membros do
clã Uchiha, porém obteve a ajuda de seu novo mestre,
Tobi, mas Itachi não conseguiu matar seu irmão caçula,
Sasuke. Após esse extermínio,
Itachi torna-se um
nukenin de Konoha, já que os únicos que sabiam da ordem do extermínio eram
Hiruzen Sarutobi,
Danzo Shimura, e os outros dois anciãos. Suas técnicas são basicamente o uso de seu Sharingan, com isso torna-se extremamente habilidoso em
genjutsu, e devido à natureza de seu clã é extremamente habilidoso no uso de técnicas do
katon. Quando sai a campo forma dupla com
Kisame Hoshigaki. Itachi morreu cego após uma batalha contra Sasuke, deixando seu Mangekyou Sharingan a ele. Logo depois é revelado a Sasuke, que Itachi teria deixado que ele o matasse, pois queria que Sasuke fosse visto como herói para Konoha. Sasuke também descobriu que Itachi era do bem, e o motivo dele ter entrado para a Akatsuki, era por a mesma poder ser uma ameaça a Konoha. Itachi é revivido por
Kabuto para a Quarta Grande Guerra Ninja, mas sai do efeito do
Edo Tensei, devido ao Sharingan de Shisui que ele havia "emprestado" a
Naruto, caso Sasuke se voltasse para Konoha.
Pain, ao contrário do que muitos pensam era o líder da Akatsuki, o mais poderoso. Na verdade Pain são seis corpos que compartilha da mesma consciência, sendo todos controlados por Nagato Uzumaki. Quando pequeno, Nagato foi treinado por ninguém menos que
Jiraiya, o sennin do sapo. Seus companheiros de equipe, assim como ele de
Ame, eram
Yahiko e
Konan. Nagato carregava em seus olhos o poder do maior entre os
doujutsu oculares, o
Rinnegan. Isso lhe permitiu aprender as mais diversas técnicas, dos mais diversos elementos. Com a saída de Jiraiya do time (que ia para
Konoha), Yahiko criou a Akatsuki, um grupo de ninjas mercenários, para assim, um dia ter chances de matar
Hanzo, o líder opressivo de Ame. Ao confrontar diretamente Hanzo, Yahiko é morto. Daí Nagato usa ferozmente o Rinnegan, e mataria Hanzo, não fosse a técnica de teletransporte. Nagato, então, transforma o corpo do melhor amigo, Yahiko, em Pain (do inglês: Dor). Nagato também usa mais cinco corpos de ninjas mortos, e junto a Yahiko, se chamam os Seis Caminhos de Pain, ou Seis Caminhos da Dor. Com isso, Pain derrota toda a Ame, inclusive Hanzo. Como líder da Akatsuki, Pain mata Jiraiya, seu antigo sensei, que como era de se esperar, leva ao menos um com ele. Só que Pain o repõe. Manipulado por
Tobi, Pain destrói sozinho Konoha, sendo que durante a invasão um dos Pain cai perante
Kakashi, levando este também a morrer. Pain sozinho mata Kakashi e
Shizune e deixa
Chouza e a
Quinta Grande Hokage em coma. Com o outro Pain reposto, os Seis Caminhos de Pain são eventualmente mortos, um a um por
Naruto. Naruto descobre onde Nagato estava se escondendo, e vai até lá. Naruto descobre que Nagato, apesar do caminho, só queria a paz no mundo ninja. Com a fé renovada, Nagato sacrifica a própria vida para ressucitar as pessoa que tinha matado em Konoha.
Fez parte do grupo dos
Sete Espadachins da Névoa, assim como
Zabuza Momochi e
Choujiro. Seu estilo de luta é mesclado entre a utilização de sua espada, a
Samehada e
ninjutsu de
suiton. É um
nukenin de
Kiri. Quando saía a campo formava dupla com
Itachi Uchiha, seu grande amigo. Kisame era o ninja da Akatsuki que possuía mais chakra, sendo chamado de
bijuu sem cauda. Após ficar seriamente ferido na terceira luta contra
Guy, Kisame entra em uma prisão de água, e invoca três tubarões, para que o devorem, e assim nele não dá nenhuma informação sobre a Akatsuki. A grande quantidade de chakra que Kisame tinha era proveniente de sua espada Samehada, que roubava chakra dos ninjas com quem lutava. Após sua morte, Samehada se alia a
Bee, o irmão do Quarto Grande Raikage.
Amiga de infância de
Nagato e
Yahiko, os três foram alunos de
Jiraiya quando esteve em
Ame terra natal deles, Jiraiya ensinou a eles as técnicas ninjas, após três anos de treinamento ele partiu e deixou os três para fazer o seu próprio destino. Ela foi uma das fundadoras da Akatsuki, junto com Nagato, e Yahiko, o principal fundador. Ela possui a habilidade de controlar pedaços de papel e formar
origamis para atacar o inimigo. Konan abandonou a Akatsuki após a morte de Nagato, sendo posteriormente morta por
Tobi, para entregá-lo o Rinnegan de Nagato.